Ergenekon terör örgütünün mafya ile bağlantıları da iddianamede ayrıntılı şekilde yer aldı. İddianamenin 236'ıncı sayfasında bu konuya değinildi: "Ergenekon terör örgütünün yönetici kadrosu, genelde emekli askerler oluşmaktadır. Örgüt bu durumdan istifade ederek kendisini Türk Silahlı Kuvvetleri içersinde bir yapılanma imiş gibi lanse etmektedir. Böylelikle bir taraftan sözde devlet adına hareket ediyor imajı verip örgütü güçlü göstermeye çalışırken diğer taraftan da değerli Türk Silahlı Kuvvetlerimizin kamuoyu nezdinde yıpranmasına ve yanlış algılanmasına sebebiyet vermektedirler. Bu hususiyetlerini de DERİN DEVLET olarak adlandırıp örgütü gizemli kılmaya ve yaptıkları kanunsuzlukları perdelemeye çalışırken diğer taraftan da eylem yaptırdıkları tetikçi şahıslara devlet adına yaptıklarına inandırarak hunharca ve canice yaptıkları eylemleri masumane göstermeye çalışırlar. İşte ERGENEKON terör örgütünün bu özelliğini, bünyesinde faaliyet yürüten çıkar amaçlı suç örgütleri de çok iyi kullanırlar ve birçok yerde kendilerinin DERİN DEVLET olduklarını yada DERİN DEVLETE çalıştıklarını dile getirerek bir taraftan çevrelerine korku salıp çıkar sağlamaya diğer taraftan da güçlü göstermeye çalışırlar.Yapılan soruşturma çerçevesinde ERGENEKON TERÖR ÖRGÜTÜ yöneticilerinden
Veli Küçük,
Muzaffer Tekin, Zekeriya Öztürk ve Mehmet Fikri Karadağ'ın birçok çıkar amaçlı suç örgütü ile ilişki içersinde oldukları tespit edilmiştir. Fakat mafya grupları ile ilişkileri ve bu suç örgütlerinin yönlendirilmesini ERGENEKON TERÖR ÖRGÜTÜ adına daha ziyade
Veli Küçük ve
Muzaffer Tekin'inn sağladığı anlaşılmıştır. Bu güne kadar elde edilen delillerden, ülkemizde ulusal ve uluslar arası düzeyde faaliyet gösteren ve liderliğini Sami Hoştan,
Sedat Peker, Ali Yasak, Semih Tufan Gülaltay yaptığı çıkar amaçlı suç örgütlerinin ERGENEKON TERÖR ÖRGÜTÜNE bağlı hareket ettikleri anlaşılmıştır."