Ergenekon İddianamesi'nde, "Ergenekon Terör Örgütü'nün Yapısı" özetle anlatılıyor.
Ergenekon Terör Örgütü'nün kendisine bağlı "Sivil Unsurların" kurulması ve örgütlenmesi amacı ile hazırladığı "Lobi" adı verilen gjzli-örgütsel çalışması uyarınca kurulduğu; örgüte bağlı "Lobi Yapılanmasının" kararı ve bu yapılanmanın sivil toplum kuruluşları alanındaki faaliyet şekil ve esaslarını belirlemek için hazırladığı "Dinamik" adı verilen örgüt dokümanında gösterilen "Kuvayı Milliye Cephesi gibi Milli Mücadele yıllarında kurulan örgütlerin günümüzde yeniden kurulması ve faaliyete geçirilmesi uygun görülmüştür" hedefinin uygulamaya konulması amacı ile Kuvayı Milliye, VKGB ve birçok sivil toplum kuruluşunun kurdurulduğu vurgulanıyor.
Ergenekon Terör Örgütü'nün yapısına dikkat çekilen bu bölümde şu ifadeler yer alıyor:
"Lobi" adı verilen örgüt belgesinde "Eleman Profili" alt başlığında yazılı "....gereğinde her tür eleman profilinden yararlanılmasından kaçınılmamalıdır, özellikle sistemle banşık olmayan, aradığını bulamamış yapıdaki kişilikler seçilmelidir...." hedefine uygun olarak bu örgütlere eleman kazandırıldığı
"Hedef" alt başlığında yazılı "....mafya grupları tümüyle yeniden gözden geçirilmeli, deneyimli mevcut grupların karşısında yeni ve güçlü bir grup oluşturularak, denetim ve kontrol altına alınmaları sağlanmalıdır" ve "Finans" alt başlığında yazılı "... Lobi'nin faaliyetlerinin finansı başlangıç noktasında Ergenekon tarafından karşılanmalıdır. Ancak, organizasyon ilk ticari şirketini kurup faaliyete geçirmesinin ardından finansal desteğe son verilmeli ve örgütün kendisine finans kaynakları oluşturması sağlanmalıdır" hedefine uygun olarak örgüte kazandırılan elemanların profillerinden de yararlanılıp mafya tarzı faaliyetlerle örgüte gelir temin edildiği;
"Amaç" alt başlığında yazılı "... bu çalışma ile hayata geçirilmesi plânlanarak önerilen "Lobi" göstereceği faaliyetler ile yukarıda işaret edilen alanlarda çok daha kolay ve sağlıklı istihbarat toplayabilecek ve değerlendirme ile analizini gerçekleştirecektir. Kontra senaryolar üretebilecek, etkinlikler tasarlayarak uygulamaya koyacak..., ... işlev ve misyonunu tamamlamış çeşitli işçi sendikaların, sivil toplum örgütlerinin etkilenmeleri sağlanarak, mevcut sendikaların tepkisel ve kitlesel eylemleri, endirekt metotlarla yönlendirilmesi sağlanacak" hedefine uygun olarak örgüte kazandırılan elemanlar aracılığı ile örgüt amaçları doğrultusunda istihbarat toplandığı;
Legal faaliyetler çerçevesinde sivil demokratik tepki görüntüsü ve kamuoyu oluşturmak amacı ile yönetim aleyhine olan sivil toplum hareketlerinin organize edildiği veya içerisinde yer alındığı;
İllegal faaliyetler kapsamında ise yukarıda sayılanlardan ayn olarak örgütün amaç ve ilkelerine aykırı davrandıklarını düşündükleri yönetimi askeri bir müdahalenin sağlanmasını temin edip hukuk dışı yoldan yönetimden uzaklaştırabilmek için askerlerin emir komuta zinciri dışında hareket etmeye teşvik edildiği;
Yine bu amaçla kamuoyunda askeri bir müdahalenin haklılığı temin amacı ile de ülkede karışıklık veya silahlı bir halk ayaklanmasına neden olabilecek derecede tepki çekip, yönetim zafiyeti oluşturacak provokatif terör eylemleri organize edildiği anlaşılmaktadır.
Yukarıdan itibaren açıklanan tüm deliller ile Ergenekon Terör Örgütü yönetici ve üyeleri ile bu kişilerin ilişki içerisinde bulunduğu VKGB ile bağlantısı duraksamaya yer vermeyecek şekilde ortaya çıkan Alparslan Arslan'ın söz konusu eylemleri, Erhan Timuroğlu, İsmail Sağır ve Osman Yıldırım'ın kendisinden duyarak aktardıkları;
"Yönetim değişecek 4-5 yıl sonra devlet temizlik yapacak", "Biz yakında çıkacağız, fazla kalmayacağız, hepimiz çıkacağız", "Bu eylemlerden sonra çok önemli yerlere geleceğiz", "Bu yargılama önemli değil, zaten hepimiz kısa zamanda çıkacağız" sözlerinden anlaşılacağı gibi;
Ergenekon Terör Örgütü'nün kendisine verdiği görev üzerine ülkede karışıklık veya silahlı bir halk ayaklanmasına neden olabilecek derecede tepki çekip, örgütün amaç ve ilkelerine aykırı davrandıklarını düşündükleri yönetimi zafiyet içerisine sokacak, bu yolla kamuoyunda askeri bir müdahalenin haklılığını temin amacı ile askerlerin emir komuta zinciri dışında hareket etmesine teşvik edilecek planın bir parçası olduğunu bilerek, kendisine vaat edildiği veya inandırıldığı gibi beklenen amaç gerçekleştiğinde önemli yerlere geleceği, çalışmasına ihtiyaç kalmayacak derecede maddi rahata kavuşacağı beklentisi içerisinde gerçekleştirmiştir;
Mehmet Zekeriya Öztürk'ün yukarıda da yazılı, "...Doğu Perinçek ve lider grubunun kendileri için Meclis'te birkaç sandalye aradığını, bu nedenle mevcut siyasi yapının dağılmasını, kurulacak yeni siyasi yapı içinde kendilerine yer edinmek istediklerini, bu nedenle 2003 yılından itibaren partinin bir askeri darbeyi dört gözle bekler duruma geldiğini;
İP ve Doğu Perinçek'in mevcut illegal örgüt orijinli alt yapı kadrolarıyla bir eylem yaptırılabileceğini, planlayabileceğini veya plan ve eyleme destek verebileceğini, Avukat Alparslan Arslan'ın siyasi görüşünün Doğu Perinçek'in son dönem politik açılımlarına ters düşmemekte olup Alparslan Arslan ve benzeri şahısların Perinçek için profilleri ve eylemsel yapılarının tercih sebebi olduğunu;
Doğu Perinçek'in istek ve amaçlarına ulaşmak için her yolu deneyebilecek bir yapıda olduğunu;
Danıştay saldırısını gerçekleştiren Alparslan Arslan'ın siyasi görüşünün medyada ve kendi beyanlarında yansıttığı gibi olmadığını..." şeklindeki beyanları da bu değerlendirmeyi destekler niteliktedir.
Soruşturma kapsamında İşçi Partisi binasında yapılan aramada el konulan bilgisayarların incelemesinde Yargıtay binası ile ilgili bir eylem için hazırlanmış kroki çıkması, yine Ulusal Kanal İzmir Temsilcisi Hayati Özcan'ın ev ve iş yerinde ele geçirilen CD'lerde İzmir ilinde bulunan askeri NATO tesislerine bir eylem hazırlığına ilişkin eylemin gerçekleştirilebilmesi için gerekli bütün istihbari bilgilerin ve talimatların bulunması örgütün bu tarz eylemlere devam edebileceğini göstermektedir.
Ergenekon Terör Örgütü'nün ana dokümanı olan Ergenekon Belgesi'nin "Eleman ve Organizasyon" alt başlığı altında, "Örgüt için ne denli yararlı olursa olsun kamuoyunda imajı zedelenmiş bir elemanı örgüt içinde tutmak ve korumaya yönelmek çok sakıncalıdır." yazılıdır.
Alparslan Arslan'ın buna uygun şekilde açık olarak sahiplenilmediği; ancak konuşmaması için de kontrol altında tutulmasına devam edildiği; bunun da şahsın ailesi ve şahsa uygulanmış bir takım psikolojik hareketlerle sağlandığı değerlendirilmektedir.