Ergenekon İddianamesinde,
Emin Gürses'in Atatürkçü Düşünce Derneği(ADD) Başkanı Şener Eruygur hakkında Emniyet Teşkilatı'nda hazırlanan dosya hakkında bilgi sahibi olduğu ifade edildi.
İddianamede, Gürses'in bir telefon görüşmesindeki şu ifadelerine yer verildi: "Yalnız şeyi unutma eğer imkan varsa ADD Başkam Şener ERUYGUR Paşaya haber gönderin" "Emniyet Teşkilatında onla ilgili dosya hazırlanıyor" diyerek Emniyet Teşkilatı içersindeki irtibatları ile çok gizli bir şekilde yürütülen soruşturmanın içeriğinden dahi bilgi sahibi oldukları anlaşılıyor."