Ergenekon İddianemesi'nde, soruşturma kapsamında yakalanan şüphelilerin ev, işyerleri ve araçlarında yapılan incelemelerinde bir kısım dokümanların birbirleriyle benzerlik gösterdiği ve aynı merkez tarafından hazırlandığı sonucuna ulaşıldığı ifade edildi.
İddianamede şu bilgilere yer verildi: "Soruşturma kapsamında yakalanan şüphelilerin ev, işyerleri ve araçlarında yapılan aramalarda çok sayıda bilgi, belge, doküman ve dijital veriler ele geçirildiği miştir. Ele geçirilen bu malzemelerin yapılan incelemelerinde bir kısım dokümanların birbirleriyle benzerlik gösterdiği ve aynı merkez tarafından hazırlandığı sonucuna ulaşılmıştır. Bu tespit üzerine söz konusu dokümanlar ayrıştırılarak yeniden incelendiğinde;Kapak tasarımlarının benzerlik gösterdiği, üzerinde belirli bir tarih yazdığı, bu tarihlerin belgenin hazırlanma tarihi olabileceği, üslup ve yazı karakteri olarak aynı anlatım dilinin kullanıldığı, Bir üst makama hitaben yazılmış resmi bir çalışma raporu şeklinde olduğu, Yazı metinlerinin sonunda "Saygılarımla" veya "Saygılarımızla" yazısının bulunduğu,Yazı metinlerinin giriş, gelişme ve sonuç bölümü şeklinde belirli bir düzende yazıldığı, Bir kısım belgelerin "Strateji grubu" olarak adlandırılan grup tarafından yazıldığı, Belgenin kapak resimleri üzerine "ANALİZ,/ STRATEJİ/ GÖZLEM/ OPERASYON PROJESİ/ ÖRTÜLÜ FAALİYETLER/ TEORİ/ ARAŞTIRMA" gibi başlıklar atılarak yapılan çalışmaların sınırlandırıldığı görülmüştür. Sonuç olarak sadece ele geçirilen örgütsel dokümanlar dahi Veli Küçük, Doğu PERİNÇEK, M.Adnan AKFIRAT, Ferid İLSEVER, Ümit Oğuztan, Tuncay GÜNEY, Mehmet Zekeriya ÖZTÜRK, Muzaffer TEKİN, Oktay YILDIRIM, Erkut ERSOY ve Sevgi ERENEROL'un birlikteliğinin ve aynı amaç doğrultusunda bir arada faaliyet yürüttüklerinin örgütsel irtibatlannm bir kanıtıdır. Bunun dışında elde edilen diğer önemli kanıtlar da ilgili bölümlerde aşağıda gösterilecektir"