Ergenekon İddanamesi'nde Ergenekon'un yapılanmasını anlatan belgelerden "ayrılan ve ihanet eden örgüt üyelerinin öldürüleceği" hususunun açıkça belirtildiği ifade edildi.
İddianamede konuya ilişkin şu bilgilere yer veriliyor. "Yapılanmayı anlatan belgelerin içeriğinden örgütün katı askeri disiplin kurallarını benimsemiş olmakla beraber iç disiplin ve cezalandırma yöntemleriyle alakalı olarak ta mafya ve terör örgütlerince kullanılan cezalandırma yönteminin benimsendiği anlaşılmaktadır. Hem Ergenekon dokümanı hem de Devletin Yeniden Yapılanması dokümanında "ayrılan ve ihanet eden örgüt üyelerinin öldürüleceği" hususu açıkça belirtildiğinden, Ergenekon terör örgütünün diğer terör örgütleri gibi kendi üyelerini dahi öldürmekte tereddütsüz davranmakta olduğu da örgütün ne kadar tehlikeli, acımasız ve katı disiplin kurallarıyla yönetildiğini açıkça ortaya koymaktadır. Bu konuda Savcılığımızca yapılan soruşturma sırasında da kamuoyunda ciddi korku ve endişe yaratan birçok çıkar amaçlı suç örgütü liderleri dahi Ergenekon'la alakalı konularda konuşmaktan çekindikleri birçok hususu resmi ifadelere yazdırmaktan korktukları, örgütün gücü ve acımasızlığının herkes tarafından bilindiği, Ergenekon terör örgütünün ne derece korkutucu ve sindiriri olduğunun anlaşıldığı, birçok şahsın sadece şifaen anlattıkları birçok kritik konunun can güvenliklerinden endişe etmeleri sebebiyle tutanaklara geçirilmesini istemediklerinden delil toplamakta ve örgütün yapısını deşifre etmekte zorluklarla karşılaşılmıştır"