Ergenekon iddianamesinde İstanbul Üniversitesi eski rektörü
Kemal Alemdaroğlu'yla ilgili şu ifadeler yer aldı:
"Şüphelinin darbe söylemlerini sadece telefon görüşmelerinde değil Lions klübü gibi dernekler de yaptığı konuşmalarda açıkça söylemekten çekinmediği
Şüphelinin Ankara Tandoğan meydanında yapılan mitingi hem kendisi hem de üniversite öğretim görevlilerinin katılımını sağlamak suretiyle ORDU GÖREVE pankartlarını taşıyıp taşıttığı;
Habip Ümit SAYIN'ın ek ifadesine göre de Taksim'de örgütsel içerikli toplantılar düzenlediği anlaşılmaktadır. Tüm bu deliller birlikte değerlendirildiğinde;
Şüpheli Kemal Yalçın Alemdaroğlu'nun Ergenekon Terör Örgütü'nün yapılanması İçinde bizzat ERGENEKON başkanlığı bünyesinde sivil şahıslarca yönetileceği belirtilen Teori Tasarım ve Planlama Dairesi Başkanlığı (sivil) içinde görevli yönetici konumunda olduğu
Kendi konumu ve toplumdaki kariyeri ile ulaşıp etkileyebileceği kesimleri darbe yaptırmaya teşvik etmek ve bu amaçla Ergenekon Terör Örgütü'nün temel amaçlarına ulaşmayı sağlamak için faaliyetlerde bulunmak suretiyle
Türkiye Cumhuriyeti Hükümetine Karşı halkı ve Türk Silahlı Kuvvetlerini darbe yoluyla isyana tahrik ve teşvik etme suçunu planlı ve ısrarlı bir şekilde işlediği, adil yargılamayı etkilemeye teşebbüs ettiği anlaşıldığından;
Şüpheli Kemal Yalçın ALEMDAROĞLU'nun üzerine atılı eylemlerine uyan; TCK'nun 314/1, 313/1 ve 3713 Sayılı Terörle Mücadele Kanunun 5. maddeleri gereğince cezalandırılması talep edilmiştir."
Alemdaroğlu hakkında darbe suçlaması haricinde, 15 ayrı suçtan 63 kez cezalandırılması talebiyle dava açıldı.