"Ergenekon terör örgütünün yapılanması içinde askeri yapılanmanın çok önemli yerinin bulunduğu, Ergenekon dokümanında Ergenekon başkanlığına bağlı 7 gizli birimin 5 tanesinin başında asker bulunduğunun belirtildiği iddianamede, "Bu bölümlerin başkanlıklarına komutanlık diye isim verilmesinden bu örgütlenmenin kurucularının ve önemli yöneticilerinin asker kökenli olduğunu göstermektedir." denildi.
Sözkonusu iddianamade, "Diğer taraftan ele geçirilen dokümanlardan ve alman ifadelerden örgütün Türk Silahlı Kuvvetleri içerisine sızmaya çalıştığı ve burada örgütün amaç ve hedefleri doğrultusunda faaliyetlerde bulunduğu, hakkında işlem yapılan şüphelilerin de görevde oldukları dönemde ellerinde bulunan imkan ve yetkileri örgütün amaç ve çıkarları doğrultusunda kullandıkları anlaşılmıştır. Öte yandan örgütsel dokümanlarda belirtildiği gibi örgütün en çok önem verdiği ve sızmaya çalıştığı kurumlardan birisinin Türk Silahlı Kuvvetleri olduğu, bu nedenle halen gizli bir şekilde bu faaliyetlerini sürdürdüğü, hatta bu faaliyetlerini karargah evleri şeklinde adlandırarak özellikle harp okullarında bulunan subaylar ve öğrencilerle ilgilendikleri, bunların yanı sıra halen görevde olan bazı Türk Silahlı Kuvvetleri mensupları ile ilişki içerisinde oldukları, bu ilişkileri sayesinde birçok kişinin askerlikle ilgili problemlerini çözdükleri ve istedikleri yerlerde askerlik yapmalarını sağladıkları, aynca bu ilişkileri örgütün farklı amaç ve hedefleri için kullandıkları anlaşılmıştır.
Soruşturma kapsamında olan şüphelilerden;
1-Şüpheli Veli Küçük (Emekli Tuğgeneral)
2-Şüpheli Mehmet Fikri Karadağ (Emekli Kurmay Kıdemli Albay)
3-Şüpheli Muzaffer Tekin (Emekli Piyade Kd.Yüzbaşı Disiplinsizlik)
(Emekli yüzbaşı istifa)
(Emekli Piyade Kıdemli Binbaşı Malulen) (Emekli Levazım Kademeli Başçavuş Malulen)
(Hava Uzman Çavuş sözleşme feshi)
(Emekli Levazım Başçavuş)
(Emekli Kademeli Kıdemli Başçavuş)
(Emekli Topçu Yüzbaşı Malulen)
(Müstafi Deniz Yüzbaşı İstifa) oldukları tespit
edilmiştir." ifadesine yer verildi.